為實(shí)現(xiàn)海峽兩岸海上客貨直接運(yùn)輸，促進(jìn)經(jīng)貿(mào)交流，便利人民往來(lái)，海峽兩岸關(guān)系協(xié)會(huì)與財(cái)團(tuán)法人海峽交流基金會(huì)就兩岸海運(yùn)直航事宜，經(jīng)平等協(xié)商，達(dá)成協(xié)議如下：
一、經(jīng)營(yíng)資格
雙方同意兩岸資本并在兩岸登記的船舶，經(jīng)許可得從事兩岸間客貨直接運(yùn)輸。
二、直航港口
雙方同意依市場(chǎng)需求等因素，相互開(kāi)放主要對(duì)外開(kāi)放港口。
三、船舶識(shí)別
雙方同意兩岸登記船舶自進(jìn)入對(duì)方港口至出港期間，船舶懸掛公司旗，船艉及主桅暫不掛旗。
四、港口服務(wù)
雙方同意在兩岸貨物、旅客通關(guān)入境等口岸管理方面提供便利。
五、運(yùn)力安排
雙方按照平等參與、有序競(jìng)爭(zhēng)原則，根據(jù)市場(chǎng)需求，合理安排運(yùn)力。
六、稅收互免
雙方同意對(duì)航運(yùn)公司參與兩岸船舶運(yùn)輸在對(duì)方取得的運(yùn)輸收入，相互免征營(yíng)業(yè)稅及所得稅。
七、海難救助
雙方積極推動(dòng)海上搜救、打撈機(jī)構(gòu)的合作，建立搜救聯(lián)系合作機(jī)制，共同保障海上航行和人身、財(cái)產(chǎn)、環(huán)境安全。發(fā)生海難事故，雙方應(yīng)及時(shí)通報(bào)，并按照就近、就便原則及時(shí)實(shí)施救助。
八、輔助事項(xiàng)
雙方在船舶通信導(dǎo)航、證照查驗(yàn)、船舶檢驗(yàn)、船員服務(wù)、航海保障、污染防治及海事糾紛調(diào)處等方面，依航運(yùn)慣例、有關(guān)規(guī)范處理，并加強(qiáng)合作。
九、互設(shè)機(jī)構(gòu)
雙方航運(yùn)公司可在對(duì)方設(shè)立辦事機(jī)構(gòu)及營(yíng)業(yè)性機(jī)構(gòu)，開(kāi)展相關(guān)業(yè)務(wù)。
十、聯(lián)系主體
（一）本協(xié)議議定事項(xiàng)，由海峽兩岸航運(yùn)交流協(xié)會(huì)與臺(tái)灣海峽兩岸航運(yùn)協(xié)會(huì)聯(lián)系實(shí)施。必要時(shí)，經(jīng)雙方同意得指定其他單位進(jìn)行聯(lián)系。
（二）本協(xié)議其他相關(guān)事宜，由海峽兩岸關(guān)系協(xié)會(huì)與財(cái)團(tuán)法人海峽交流基金會(huì)聯(lián)系。
十一、協(xié)議履行及變更
（一）雙方應(yīng)遵守協(xié)議。協(xié)議附件與本協(xié)議具有同等效力。
（二）協(xié)議變更，應(yīng)經(jīng)雙方協(xié)商同意，并以書(shū)面方式確認(rèn)。
十二、爭(zhēng)議解決
因適用本協(xié)議所生爭(zhēng)議，雙方應(yīng)盡速協(xié)商解決。
十三、未盡事宜
本協(xié)議如有未盡事宜，雙方得以適當(dāng)方式另行商定。
十四、簽署生效
本協(xié)議自雙方簽署之日起四十日內(nèi)生效。
本協(xié)議于十一月四日簽署，一式四份，雙方各執(zhí)兩份。
附件：海峽兩岸直航船舶、港口安排
海峽兩岸關(guān)系協(xié)會(huì) 財(cái)團(tuán)法人海峽交流基金會(huì)
會(huì)長(zhǎng) 陳云林 董事長(zhǎng) 江丙坤
附件：海峽兩岸直航船舶、港口安排
依據(jù)本協(xié)議第一條、第二條，議定具體安排如下：
一、兩岸資本并在香港登記的船舶比照直航船舶從事兩岸間海上直接運(yùn)輸，在進(jìn)出兩岸港口期間，其船舶識(shí)別方式比照《港臺(tái)海運(yùn)商談紀(jì)要》有關(guān)香港船舶的規(guī)定。
二、目前已經(jīng)從事兩岸試點(diǎn)直航（境外航運(yùn)中心）運(yùn)輸、兩岸三地集裝箱（貨柜）班輪運(yùn)輸、砂石運(yùn)輸?shù)膬砂顿Y本權(quán)宜船，經(jīng)特別許可，可按照本協(xié)議有關(guān)船舶識(shí)別等規(guī)定，從事兩岸間海上直接運(yùn)輸。
三、雙方現(xiàn)階段相互開(kāi)放下列港口：
大陸方面為六十三個(gè)港口，包括：丹東、大連、營(yíng)口、唐山、錦州、秦皇島、天津、黃驊、威海、煙臺(tái)、龍口、嵐山、日照、青島、連云港、大豐、上海、寧波、舟山、臺(tái)州、嘉興、溫州、福州、松下、寧德、泉州、肖厝、秀嶼、漳州、廈門、汕頭、潮州、惠州、蛇口、鹽田、赤灣、媽灣、虎門、廣州、珠海、茂名、湛江、北海、防城、欽州、海口、三亞、洋浦等四十八個(gè)海港，以及太倉(cāng)、南通、張家港、江陰、揚(yáng)州、常熟、常州、泰州、鎮(zhèn)江、南京、蕪湖、馬鞍山、九江、武漢、城陵磯等十五個(gè)河港。
臺(tái)灣方面為十一個(gè)港口，包括：基隆（含臺(tái)北）、高雄（含安平）、臺(tái)中、花蓮、麥寮、布袋（先采專案方式辦理）等六個(gè)港口，以及金門料羅、水頭、馬祖福澳、白沙、澎湖馬公等五個(gè)“小三通”港口。
雙方同意視情增加開(kāi)放港口。