海峽兩岸紅十字組織代表韓長林、陳長文等于1990年9月中旬在金門就雙方參與見證其主管部門執行海上遣返事宜舉行工作商談，經充分交換意見后，達成協議。協議如下：
一、遣返原則：
應確保遣返作業符合人道精神與安全便利的原則。
二、遣返對象：
（一）違反有關規定進入對方地區的居民（但因捕魚作業遭遇緊急避風等不可抗力因素必須暫入對方地區者，不在此列）。
（二）刑事嫌疑犯或刑事犯。
三、遣返交接地點：
雙方商定為馬尾--馬祖（馬祖--馬尾），但依被遣返人員的原居地分布情況及氣候、海象等因素，雙方得協議另擇廈門-金門（金門-廈門）。
四、遣返程序：
（一）一方應將被遣返人員的有關資料通知對方，對方應于二十日內核查答復，并按商定時間、地點遣返交接。如核查對象有疑問者，亦應通知對方以便復查。
（二）遣返交接雙方均用紅十字專用船，并用民用船只在約定地點引導。遣返船、引導船均懸掛白底紅十字旗（不掛其它旗幟，不使用其他的標志）。
（三）遣返交接時，應由雙方事先約定的代表二方簽署交接見證書。
五、其他：
雙方應盡速解決有關技術問題，以期在短期內付諸實施。如有未盡事宜，雙方得另行商定。