中華人民共和國政府恢復對香港行使主權，是包括香港同胞、臺灣同胞在內的全體中國人民長期以來的共同愿望。“九七”以后香港特別行政區與臺灣地區的關系，是兩岸關系的特殊組成部分。“九七”后香港的涉臺問題，凡屬涉及國家主權和兩岸關系的事務，由中央人民政府安排處理，或由香港特別行政區政府在中央人民政府的指導下處理。港臺兩地的民間交往，香港同胞、臺灣同胞的正當權益應予維護，以促進兩地共同繁榮。中央人民政府確定的處理“九七”后香港涉臺問題的基本原則和政策是：
一、港、臺兩地現有的各種民間交流交往關系，包括經濟文化交流、人員往來等，基本不變。
二、鼓勵、歡迎臺灣居民和臺灣各類資本到香港從事投資、貿易和其他工商活動。臺灣居民和臺灣各類資本在香港的正當權益依法受到保護。
三、根據“一個中國”的原則，香港特別行政區與臺灣地區間的空中航線和海上運輸航線，按“地區特殊航線”管理。香港特別行政區與臺灣地區間的海、空航運交通，依雙向互惠原則進行。
四、臺灣居民可根據香港特別行政區法律進出香港地區，或在當地就學、就業、定居。為方便臺灣居民出入香港，中央人民政府將就其所持證件等問題作出安排。
五、香港特別行政區的教育、科學、技術、文化、藝術、體育、專業、醫療衛生、勞工、社會福利、社會工作等方面的民間團體和宗教組織，在互不隸屬、互不干涉和互相尊重的原則基礎上，可與臺灣地區的有關民間團體和組織保持和發展關系。
六、香港特別行政區與臺灣地區之間以各種名義進行的官方接觸往來、商談、簽署協議和設立機構，須報請中央人民政府批準，或經中央人民政府具體授權，由特別行政區行政長官批準。
七、臺灣現有在香港的機構及人員可繼續留存，他們在行動上要嚴格遵守《中華人民共和國香港特別行政區基本法》，不得違背“一個中國”的原則，不得從事損害香港的安定繁榮以及與其注冊性質不符的活動。我們鼓勵、歡迎他們為祖國的統一和保持香港的繁榮穩定作出貢獻。
以上各項政策的依據是“一個中國”的原則和“一國兩制”的方針。我們要求臺灣當局認清形勢，面對現實，采取務實的態度，消除各種障礙，不要企圖在港臺關系上搞“兩個中國”、“一中一臺”的活動。我們也要求臺灣在港的機構和人員嚴格遵守《中華人民共和國香港特別行政區基本法》，用以規范自己的行為，不違背“一個中國”的原則，不從事有損香港安定繁榮的事。